Sistem pembelajaran, sampai saat ini Ma’had al-Ulya MAN Kota Batu berpedoman pada kurikulum Madrasah Diniyah Takmiliyah yang dikeluarkan oleh Direktorat Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren Direktorat Jendral Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia tahun 2012. Kurikulum Madrasah Diniyah Takmiliyah kemudian dikembangan sesuai dengan prinsip pengembangan kurikulum relevansi, efektifitas, dan prindip praktis. Dengan prinsip relevansi tersebut, konsep integrasi kurikulum baik written dan hidden terbentuk. Ciri khusus lain ma’had ini sebagai pelengkap madrasah adalah keharusan seluruh santri ma.had menguasai ilmu Qur’an. Melalui al-Qur’an, diharapkan mereka mampu mendekatkan siswa pada al-Qur’an melalui kegiatan keseharian dan kewajiban siswa untuk mengahafal juz 30 sebagai syarat pengambilan ijasah. Salah satu usaha untuk membentuk siswa agar mempunyai karakter agama Islam adalah dengan mendekatkan siswa pada al-Qur’an. Untuk mencapai maksud tersebut, dikembangkan ma’had atau pesantren madrasah di mana siswa MAN Kota Batu mendapat bimbingan hafalan al-Qur’an juz 30. Melalui model pendidikan semacam ini, diharapkan lahir lulusan yang berpredikat ulama intelek profesional dan atau intelek profesional yang ulama. Ciri utama sosok lulusan adalah tidak saja menguasai disiplin ilmu masing-masing sesuai jurusan yang diambil di madrasah, tetapi juga menguasai al-Qur’an dan Hadish sebagai pedoman hidup yang diinternalisasikan di ma’had. Sistem ini merupakan integrasi antara tradisi pesantren atau ma’had dan madrasah.